Der erste katholische Gottesdienst der Gemeinde fand 1910 im heutigen Gerhart-Hauptmann-Museum statt. In den 1920ern wurde eine ehemalige Militärbaracke auf dem Gelände des Museums zu einer kleinen Kapelle, „Stella maris“, umgebaut. Aufgrund der geringen Kapazität, wurde 1932 dann die St. Bonifatius Kirche im neoromanischen Baustil errichtet.
Namensgeber war der um 672 in England geborene Wynfreth, ein Missionar und Kirchenreformer im Fränkischen Reich. Seit dem 16. Jahrhundert wurde dieser wegen seiner umfänglichen Missionstätigkeit als „Apostel der Deutschen“ verehrt und 1855 von Papst Pius IX heiliggesprochen. 1936 erhielt die Kirche eine Reliquie des Heiligen Bonifatius (Knochensplitter), die bis in die 1950er Jahre Anlass für Wallfahrten nach Erkner war. Die Weihung des Gotteshauses erfolgte erst im Jahre 1941.
Der Luftangriff auf Erkner am 8. März 1944 hatte auch immense Schäden an Kirche und Pfarrhaus zur Folge, der Wiederaufbau wurde 1949 abgeschlossen. Die Kirche beherbergt seit 1949 auch eine kleine Orgel der renommierten Orgelbaufirma Sauer. Diese wurde in den 1990er Jahren ausgebaut und im März 1997 eingeweiht. Unter anderem wurden Metallpfeifen der ebenso von der Firma Sauer stammenden Orgel der Staatsoper Unter den Linden Berlin, die einer neuen weichen sollte, eingebaut.
Die Kirche befindet sich im westlichen Teil der Stadt. Die nächstgelegene Bushaltestelle ist Erkner - Robinienweg. Auch der Regional- und S-Bahnhof Erkner mit dem Zentralen Omnibusbahnhof ist nicht weit entfernt. Europaradweg, Spreeradweg oder auch der Jakobsweg führen in unmittelbarer Nähe an der Kirche vorbei.
